Also der XP-Bootloader liegt auf der ersten Platte mit W98 und hat dann verzweigt zur 2.Platte mit XP, die jetzt in der Form nicht mehr existiert?

- Die Boot.ini ist ne ganz banale Textdatei, die man nach belieben ändern kann (aber nur sollte wenn man weiß was man tut). Du must dazu lediglich alle Dateiattribute entfernen außer "Archiv", sonst ist sie schreibgeschützt und womöglich unsichtbar.

Du mußt dann im Abschnitt [boot loader] den Eintrag
default=multi blabla
ersetzen durch
default=c:\

- Ansonsten kannst Du den NT-Bootloader leicht für immer ausknocken, indem Du von W98-Startdisk bootest und dann
SYS C: <Return>
abschickst. Dabei u.a. wird der Bootsektor neu erstellt, welcher ab sofort wieder die allseits beliebte IO.SYS lädt.
Dann Diskette raus und neu booten.

Ach, halt mal:
Dabei wird nur eine Kurzversion der MSDOS.SYS geschrieben, die nicht sooo brauchbar ist. Weiß nicht ob die noch bis zum GUI hochbootet, wär aber einen Versuch wert.
Also die bisherige MSDOS.SYS sichern und nach dem SYS-Befehl wieder zurückkopieren nach C:\. Dabei die neu erstellte überschreiben. Problem ist, daß Du da auch erst die Attribute entfernen mußt und zwar das alles unter DOS.
Mach Dich also vorher lieber mal mit den Befehlen COPY und ATTRIB vertraut und übe an anderer Stelle (nicht im Root von C:) in der W98 DOS-Box.
Oder nimm den Norton Commander dazu.

- Wenn Du keine Ahnung von all diesen Dingen hast ist es wohl am pragmatischsten wenn Du W98 einfach wieder 'drüberinstallierst.