Wenn Du beim Explorer die ganzen unsichtbar/versteckt Optionen angekreuzt hast sollte die Auslagerungsdatei schon mit dabei sein.

Der Effekt kommt von einem anderen Zusammenhang. Der Einfachheit halber rede ich mal von FAT-Dateisystem, bei NTFS ist das aber ähnlich:
Die Dateien auf einem Datenträger werden nicht byteweise gespeichert, sondern in Blöcken. Diese Blöcke nennt man Sektoren, ein Sektor hat 512 Byte. Zur Verwaltung im Dateisystem werden weiterhin mehrere Sektoren zu Clustern zusammengefaßt. Das sind die sog. Zuordnungseinheiten und sie sind die kleinste Datenmenge die im Dateisystem verwaltet werden kann. Wieviele Sektoren pro Cluster verwendet werden hängt u.a. von der Partitionsgröße ab.

Eine reale Clustergröße wäre z.B. 4kB, also 8 Sektoren. Das ist in dem Fall die kleinste Einheit, die auf dieser Partition benutzt werden kann.
So auch bei kleinen Dateien wie der BOOT.INI. Die hat z.B. 300B, belegt somit aber dennoch 4kB.
Eine Datei mit 4,1kB benötigt dann 2 Cluster, also 8kB.
Und so weiter.

Der Explorer wiederum und auch die meisten anderen Dateimanager benutzen aber 2 verschiedene Mechanismen zur Darstellung von freiem und belegten Platz im Dateisystem:
- Der freie Platz wird ermittelt durch Aufsummieren der nicht belegten Cluster. Diese Angabe ist der Platz, der tatsächlich noch frei ist.
- Der belegte Platz wird ermittelt durch Aufsummieren der Dateigrößen, also Addition der Bytewerte. Dabei wird der Verschnitt, welcher durch die Verwaltung in Clustern auftritt nicht berücksichtigt und wenn man also genauer hinschaut, so wie Du, bemerkt man eine nennenswerte Differenz.

Das Ganze ist durch FAT32 und NTFS stark eintschärft worden. So mußten unter FAT16 bei einer 2GB-Partition bereits 32kB-Cluster verwendet werden und da wurde es dann wirklich doof - man hatte mitunter 400MB, also 20%, und mehr an Verschnitt!

Wenn man ganz genau die gesamte Festplatte betrachtet stellt man fest daß die Bilanz immer noch nicht ganz stimmt. Diese kleine Differenz wird von weiteren Verwaltungssektoren "verschwendet", wie MBR, Bootsektoren, FATs, und Verzeichnissektoren aber das liegt schon jenseits Deiner Frage und ist mit dem Explorer nicht zu erkennen, weil dieser immer nur einzelne Partitionen betrachtet und nicht die gesamte Platte.