Bei NTFS lassen sich im Dateisystem Benutzerrechte vergeben, egal ob's um Dateien oder Verzeichnisse geht. Dann lassen sich über die üblichen Benutzermechanismen Zugriffe verwehren.
Diese Einstellungen lassen sich konfigurieren über "Eigenschaften von Datei/Verzeichnis", im Tab "Sicherheit".

Beachte dabei aber folgende Ratschläge:
- Finger weg von den Benutzerrechten im Windows-Verzeichnis und im Root der Startpartition.
- Berechtigungen nur über "Zulassen" konfigurieren, nicht über "Verweigern". Sonst kann's passieren daß Du dich selbst aussperrst.

Na komm, jetzt laß Dich doch nicht von 2 Warnungen ins Bockshorn jagen...
Wenn Du die befolgst brennt da nichts an.

Bei der ersten geht's darum die Bootbarkeit des Systems nicht zu gefährden und bei der zweiten darum, daß man dem Administrator nicht die Möglichkeit nimmt irgendeinen selbstgebauten Bockmist wieder rückgängig machen zu können.